La simulación basada en módulos también tiene ciertas desventajas (V)

5. Las condiciones impuestas a un proceso (o a un conjunto de ecuaciones) pueden hacer que los estados físicos de la unidad pasen de una operación en dos fases a una operación en una sola fase, o viceversa. Conforme al programa pasa de un módulo a otro a fin de representar el proceso debidamente, habrá una discontinuidad severa y es posible que fluctúen desordenadamente los valores de las propiedades físicas.